海南岛在建省前的一段较长历史时期，是隶属于广东的一个落后地区。虽说经济文化落后，但是，西方传教士对它却有几分看重，早在1882年基督教传教士就已经开始到海口传教。
1882年基督教在海口设立教堂后，很快就于1886年在儋州那大设立分教堂。
一百多年前的那大，地处密林深处，人不多，房子少，而且多为茅草房，它的规模和经济实力不要说比不上州城中和及临海重镇新英，连当时的王五、长坡、木棠都比不上，可以说那大顶多只能算是一个村。当时，海榆西线公路还没有开，交通极为不便。同时，它毗邻少数民族地区，经济文化落后，不要说现代文明气氛不浓，近代文明都没有多少体现。然而，美籍丹麦传教士冶基善确以独到的眼光选择了在这里建立起早期的那大教会。
儋县那大基督教堂会(亦称那大差会)，系海南基督教会分支机构。于光绪十一年(1885年)创建。起初，由冶基善在那大市北门建起一座二进的平房，前进屋为教堂，后进屋做为医务室，冶基善主持传教兼管医务，接着纪路文也到那大协助传教。光绪十三年美国长老会又派传教士王约翰接替冶基善主持传教活动，吴赖安为医生，徐君礼为传教士。后来，相继派林保罗、李惠霖、石鼎业、叶兴利、梁德化等到那大传教。光绪二十年那大教会建起楼房2间，1间为神职人员住宿，1间供办医院使用，原有的房产作为兴办那大中西学堂的校舍，中西学堂负责人由王约翰牧师兼任。另建立教堂1间供信徒活动。
1900年，据那大教会统计，有教徒100多人；1905年教徒增至200多人。之后那大热心教友邓维庆、叶妚英将自家园地奉献给教会建大礼拜堂，由林保罗设计的礼拜堂于1909年动工，1914年竣工，建筑面积约400多平方米，并相继建起一批牧师楼，与当时的那大第一楼“侍郎楼”构成了那大第一批楼群。
1910年，香港基督教会派华籍牧师万鼎新(东莞县人)到那大教会协助主持传教活动，1922年因病返港。1912年那大中西学堂改为灵光学校，王约翰因病返回美国治疗，由林保罗接替王在那大教会的传教任务，兼灵光学校校长职务。民国2年美国长老会又增派王道琼(王约翰、赖马太之子，在琼出生，后回美国读书)、孟言嘉传教士到那大教会。
解放前，教会除传教外，还兼办学和办医。王约翰夫人赖马太曾办妇女识字班；1889年之后办中西中学堂(不久迁往府城并入华美中学)、灵光学校(在中西中学堂原址)、女子佶安宁学校(后并入灵光学校)。1889年办那大福音医院，最早在儋县引进西医，其中影响最大的内、外科手术。
1928年“美国长老会那大差会”改为“中华基督教会那大教堂会”。1935年又将“中华基督教会那大教堂会”改为“中华基督教海南大会儋临区会”，下辖加来、南江两个教堂会，以及南丰、和舍、和庆、王五、西峰、金江等6个分堂会。1940年，日本帝国主义者侵入那大，王道琼等传教士离开那大到海口，那大教堂传教活动停顿。1945年抗日战争胜利后，海南大会再派传教士王道琼到那大教会主持活动(仍兼任海南大会的职务)。历任外籍牧师有冶基善、纪路文、林保罗、王约翰、李惠霖、石鼎业、王道琼、叶兴利、梁德化；华籍牧师有万鼎新、李英华。
1927年至1940年中华基督教儋临区会牧师李英华，长老叶亚荣、符世经、邓冠英、钟岳灵、余学海、谢沛霖、吴博、李英伟。
解放初期，那大基督教会神职人员有牧师李英华，代牧师余冠球，长老余学海、吴汉生、叶振声。
1951年初，牧师李英华辞职，后因病逝世。1951年8月，由余冠球负责那大基督教会传教工作。1954年，中国基督教“三自”爱国运动委员会成立。因那大大教堂被政府征用，1958年另盖一间小礼拜堂。1960年，儋县成立那大基督教三自爱国运动委员会。1963年6月后教会停止活动。
1980年贯彻党的宗教信仰自由政策，恢复教堂活动。1986年春，儋县委把大教堂所有权和使用权归还教会。至1990年，儋州市基督教会扩展到“一堂三点”(即那大教堂管理委员会，铺仔、王五、东成乡福安村聚会点)，教徒与慕道者共2250人，其中正式教徒300余人，慕道者1900余人。
至2012年，儋州市基督教会扩展到“一堂七点”(即那大教堂管理委员会，铺仔、王五、福安、西庆、和庆、丰富、那联聚会点)，信徒及慕道友人数逾5000人。2013年，经过各堂点管理委员会换届后，儋州市基督教会确立为“四堂四点”(即那大堂、丰富堂、福安堂、和庆堂、铺仔聚会点、王五聚会点、西庆聚会点、那联聚会点)。
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