宗教改革时期产生的三大主流教派主要是指：路德宗、加尔文宗和圣公会。这些教派比较一致的观点是反对罗马教皇对各国教会的控制，宣称《圣经》为信仰的最高原则，不承认教会享有解释教义的绝对权威，强调教徒个人直接与上帝相通，不必由神父做中介，由于新教徒对公教的抗议态度，因此被称为protestants（抗议宗）。
路德宗（Lutheran Church，又称信义宗）是经德国宗教改革家马丁•路德（Martin Luther）改革而形成的教派。
在信仰问题上，路德宗主张自主自治，反对教会的思想和行政控制，强调“因信称义”（justification by faith）的教义，即人在上帝面前得到救赎，不被定罪，得称为“义”，全凭内心的真正信仰，而不在于遵行教会规条，故又称“信义宗”。路德宗是新教主要宗派之一，也是最早的新教教派，以马丁•路德（1483年－1546年）宗教思想为依据。因其强调"因信称义"的教义，故亦称信义宗，路德宗是世界上影响比较大的一个新教派别。
路德宗在教义上主要强调因信称义，认为人要得到上帝的拯救，不在于遵守教会的规条，而在于对上帝的信心；不在于个人的功德或善行，而在于上帝给人的恩赐。人因着信被上帝成为义人，信徒都可通过祈祷直接与上帝沟通。因此，路德宗认为凡信徒皆可为祭司，无须各级神职人员为中介。同时，路德宗强调圣经是信仰的根本，凡不符合圣经的礼仪、制度和学说，都在路德宗屏弃之列。天主教的七项圣事，路德宗只保留洗礼和圣餐两项，礼拜形式也更为简化，着重讲道和唱赞美诗，并且允许神职人员结婚。
路德宗还认为教会的组织形式与个人的得救无关，故主教制、长老制和公理制都可采用，具体情况由各地教会自行决定。
路德宗信徒主要分布在德国北部和北欧诸国，其中德国约占一半。在北美，路德宗势力也较大，为美国基督教第四大宗派，在亚、非、拉美地区也有该宗信徒。路德宗在中国活动范围也甚广。
加尔文宗（Calvinists）是由法国宗教改革家加尔文（Jean Calvin）在瑞士进行的改革而形成的教派。
该教派主张由教徒推选长老（Elder）管理教会，因此又称为长老会（Presbyterians）。加尔文认为，谁被上帝救赎，谁被弃绝，全由上帝预定，只有上帝的“选民”（chosen people）才能得救，并产生信心而称义；被拣选的人应当自律、节俭、辛勤工作，这些可以成为一个人蒙拣选的证据。这种观点为最初资本主义精神的形成奠定了基础。
加尔文宗在荷兰、德国称为“归正会”（Reformed Churches, 意即经过改革而复归正确），在法国称为“胡格诺派”（Huguenot），在苏格兰称为“长老会”，在英格兰称为“清教徒”（Puritans, 该词源于拉丁文purus，指“清洁”、“纯净”）。
